La nascita ufficiale del Museo Civico di Storia Naturale di Genova va fatta risalire al 24 aprile 1867, data in cui il Consiglio Comunale approvò la proposta del Marchese Giacomo Doria relativa alla sua istituzione. Doria (1840-1913), animato da una profonda passione naturalistica, aveva già svolto numerose ricerche in Liguria e soprattutto aveva effettuato raccolte in Persia (1862-63) e poi a Sarawak, nell’Isola di Borneo (1865-66), in quest’ultima occasione assieme al botanico fiorentino Odoardo Beccari. Approfittando del fatto che in quel periodo il Municipio aveva ricevuto in eredità due collezioni naturalistiche (nel 1865 quella di rocce, minerali e fossili del Marchese Lorenzo Pareto e nel 1866 quella di conchiglie del Principe Odone di Savoia), Doria propose di donare al Comune anche i materiali zoologici di sua proprietà purché venisse istituito un Museo Civico di Storia Naturale.

Il nuovo Museo vide dunque la luce e trovò sede nella Villetta Di Negro, la palazzina appartenuta sino al 1857 al Marchese Gian Carlo Di Negro, da poco entrata nelle proprietà comunali. Doria, nominato Direttore, ebbe subito al suo fianco, come Vice Direttore, l’entomologo Raffaello Gestro (1845-1936), che avrebbe poi diretto la struttura dopo il fondatore.

Il Museo divenne ben presto il centro motore di numerose esplorazioni, grazie anche al fatto che Doria fu per parecchi anni Presidente della Società Geografica Italiana e in tale veste promosse viaggi di ricerca nelle regioni extraeuropee.

Le esplorazioni fecero affluire al Museo ingenti serie di reperti, soprattutto zoologici, grazie all’attività svolta ad esempio in Africa da O. Antinori, O. Beccari, A. Issel, E. Ruspoli, V. Ragazzi, V. Bòttego, L. Robecchi Bricchetti, E. Bayon, L. Fea, C. Citerni, S. Patrizi, R. Franchetti ed E. Zavattari, per non citare che i più famosi.

In Asia sudorientale e Nuova Guinea operarono invece, spesso per interi anni, O. Beccari, L. M. D’Albertis, A. A. Bruijn, L. Fea, E. Modigliani e L. Loria, mentre dall’America meridionale giunsero le collezioni di G. Bove, D. Vinciguerra, L. Balzan, C. Spegazzini, F. Silvestri, G. Rovereto, ecc., per non parlare delle raccolte mediterranee realizzate a bordo del “Violante” e del “Corsaro” messi a disposizione dal Capitano E. A. D’Albertis.

Alla fine del secolo Villetta Di Negro non era più in grado di accogliere nuovi reperti, per cui il Comune decise di costruire un nuovo edificio, dedicato esclusivamente al Museo, che è quello attuale. Il palazzo fu inaugurato nel 1912; Doria non poté purtroppo presenziare alla cerimonia per gravi problemi di salute, tanto che decedette l’anno successivo. La Direzione passò così a Gestro, che la tenne sino al 1934 (lavorando quindi in Museo per 67 anni), quando subentrò Oscar De Beaux (1934-1947). Alla Direzione del Museo si sono poi succeduti Carlo Alzona (1947-1955, come Direttore incaricato), Enrico Tortonese (1955-1976), Lilia Capocaccia (1976-1996), Roberto Poggi (1996-2011) e Giuliano Doria (dal 2011).