Doria e la fondazione del Museo
Tra il 1865 e il 1866 il Comune di Genova aveva ereditato due importanti collezioni naturalistiche, quella del marchese Lorenzo Pareto (1800-1865) e quella del Principe Odone di Savoia* (1846-1866). Pareto, famoso geologo, aveva lasciato alla città una collezione di rocce, minerali e fossili, mentre da Odone, che aveva radunato raccolte delle più diverse tipologie, pervenne una collezione di conchiglie europee ed esotiche.

Giacomo Doria, al rientro da Sarawak, avanzò l’ipotesi di donare al Comune anche i materiali zoologici di sua proprietà (di Europa, Persia e Borneo) purché si istituisse un Museo Civico di Storia Naturale.
Nella seduta pubblica del 24 aprile 1867 il Consiglio Comunale discusse la “Proposta della Giunta relativa allo stabilimento d’un Museo Civico di Storia Naturale”. Dopo ampio dibattito accolse a grande maggioranza la proposta della Giunta e affidò per acclamazione a Giacomo Doria la Direzione del Museo. Impostato il nuovo Museo, Doria pensò subito alla pubblicazione di un periodico ove stampare i risultati delle ricerche: nel 1870 nacquero così gli Annali del Museo Civico di Storia Naturale di Genova.

Il 3 marzo 1878 Doria sposò Laura Durazzo (1848-1913). Tra il 1877 e il 1879 fu più volte a bordo del cutter “Violante” del suo amico il Cap. Enrico Alberto D’Albertis (1846-1932) ed effettuò le prime dragate di profondità per raccogliere organismi marini.
Dal novembre 1879 al febbraio 1880 partecipò con Beccari ad una spedizione per il definitivo acquisto italiano della Baia di Assab, in Eritrea. A bordo dell’Avviso “Esploratore”, al comando del Capitano De Amezaga, i due naturalisti radunarono collezioni a Zante, Port Said, Cairo, Suez, Massaua, Assab ed Aden.

Nel 1881-82 Doria si trasferì con la famiglia a Tunisi, incaricato di una missione diplomatica, e ne approfittò per effettuare raccolte zoologiche.
Presto, però, giunsero anche incarichi che lo distolsero dai suoi amati studi: nel 1888 fu nominato Consigliere Comunale e poi Assessore e in tale veste si occupò dell’organizzazione delle celebrazioni colombiane svolte in città nel 1892. Nel 1889 fu eletto a Roma Socio d’Onore della Società Geografica Italiana e membro del Consiglio Superiore dell’Istruzione Pubblica, mentre nel 1890 fu nominato Senatore del Regno e supplente del Sindaco di Genova. Nel gennaio 1891 venne eletto Presidente della Società Geografica Italiana; due mesi dopo, il 16 marzo, venne eletto anche Sindaco di Genova, carica che mantenne fino al 7 luglio, quando si dimise, disgustato da una serie di contrasti, e si trasferì per qualche anno a Roma.

Nella sua qualità di Presidente della Società Geografica Italiana promosse e sostenne vari viaggi di esplorazione in terre remote. Tali spedizioni, programmate per migliorare le conoscenze geografiche di regioni inesplorate, avevano spesso anche scopi militari e di espansione coloniale. I viaggiatori venivano peraltro istruiti a Genova da Gestro nella raccolta e nella conservazione dei reperti, che, se zoologici venivano destinati a Genova, se botanici a Firenze e se etnoantropologici ancora a Firenze (poi a Roma).
In tal modo, grazie ai contatti personali e al sostegno anche economico di Doria e alle istruzioni pratiche fornite agli ardimentosi esploratori, il Museo di Genova si arricchì di raccolte di grandissimo valore scientifico, che sono la base delle eccezionali collezioni esotiche che ancor oggi custodisce.