La Fondazione Genoa 1893 è nata nel 2006 su iniziativa del Presidente del Genoa Cricket and Football Club, in una fase delicata nella storia della società, al fine di promuovere tra le nuove generazioni la crescita delle comunità dei sostenitori del Genoa e l'identificazione nei valori della sua tradizione sportiva e socio culturale; promuovere la pratica del calcio giovanile e dilettantistico; promuovere attività ed iniziative culturali nel campo dello sport; promuovere iniziative di studio e di proposta riformatrice dell'ordinamento sportivo italiano; curare la raccolta di documentazione e materiali e promuovere ricerche sulla storia del Genoa.

In particolare, la Fondazione cura l’esposizione permanente e la raccolta di documenti e materiali storici del Museo della Storia del Genoa e dell'Archivio Storico del Genoa.

Dal 2011, il Museo fa parte della Federazione dei Musei del Calcio, che favorisce la promozione della cultura sportiva e la promozione dei suoi valori.

Dal 2019, il Museo è membro dell’International Football Museum Association insieme a Sport Lisbona e Benfica (Portogallo); Museo del Deporte Santafecino, Club Atlético, River Plate e Club Atlético Boca Juniors (Argentina); Museu do Futebol, Clube de Regatas do Flamengo e Sport Club Internacional (Brasile); Museo del Grande Torino e della Leggenda Granata e Juventus Football Club (Italia); FC Bayern München e Eintracht Frankfurt (Germania); Arsenal Football Club (Inghilterra); Real Madrid CF (Spagna).