Il percorso museale dell’oggi – il cui cuore è sempre rappresentato dalla figura di Giuseppe Mazzini – si dipana lungo una dozzina di sale espositive, nelle quali è possibile ripercorrere la storia del Risorgimento italiano, in particolare quello democratico e repubblicano.

La narrazione prende avvio dall’insurrezione genovese del 1746 (sala 1), vicenda che a un secolo di distanza – con il rilancio del mito di Balilla, eretto a simbolo dell’insurrezione contro gli Austriaci in antico regime – tornò a caricarsi di un nuovo valore simbolico. Seguono le sezioni dedicate alla Repubblica giacobina (1797), all’annessione di Genova all’Impero Francese (1805) e al Regno di Sardegna (1815) (sala 2).

La sezione “mazziniana” si sviluppa nelle stanze dell’appartamento Mazzini, con la camera nella quale l’“Apostolo” ebbe i natali, che – sia pur rinnovata – ha mantenuto la fisionomia originaria di “sacrario”, dove sono esposti  documenti e  cimeli a lui appartenuti (sala 3); a seguire la rinnovata sezione dedicata al giovane  Giuseppe Mazzini, dalle prime esperienze carbonare alla “Giovine Italia”, con la ricostruzione dello studio (sala 4), con oggetti personali tra i quali la chitarra, che lo accompagnò nei lunghi anni d’esilio. Nel salone al terzo piano si trova la sezione più scenografica del museo (sala 5), che si apre con lo spazio dedicato a Goffredo Mameli e al documento più significativo delle collezioni,  la prima stesura autografa del Canto degli Italiani, meglio noto come “Fratelli d’Italia”, cui fanno seguito le testimonianze relative alla Repubblica romana (1849) e alla, purtroppo poco nota, “rivolta di Genova” (1849).  A seguire un’altrettanto importante sezione  – resa suggestiva dalla presenza di camicie rosse, armi, cimeli, dipinti e stampe – è dedicata a Giuseppe Garibaldi e alla Spedizione dei Mille (sala 6), con le Camicie Rosse e le divise azzurre dei Carabinieri Genovesi (sala 7), tiratori provetti volontari, artefici dei principali successi militari della spedizione siciliana. Il percorso espositivo prosegue nello  spazio intitolato “5 maggio 1915. Il Monumento ai Mille tra mito e propaganda” (sala 8), nel quale è documentata la lunga e travagliata vicenda del monumento e della sua inaugurazione attraverso le testimonianze artistiche e documentarie presenti nelle raccolte dell’Istituto, tra le quali il bozzetto in gesso del Monumento ai Mille di Eugenio Baroni e il documento autografo con la celeberrima orazione di Gabriele d’Annunzio. Da qui prende avvio l’ultima sezione espositiva dedicata alla Grande Guerra, inaugurata in occasione della commemorazione del centenario della prima guerra mondiale, nella quale ampio spazio è dedicato ai temi della propaganda, attraverso documenti,  cartoline e manifesti,  e alla rappresentazione della terribile guerra di trincea, attraverso i disegni degli artisti-soldato, tra i quali spiccano i nomi più significativi  del panorama artistico nazionale dell’epoca.