Andrea Doria collezionava arazzi ed argenti piuttosto che dipinti, ed è proprio per le eccezionali raccolte di panni ed oggetti in metallo prezioso, entrambi molto più dispendiosi dei quadri, che Palazzo del Principe era famoso. I successori di Andrea, compreso il suo erede diretto Giovanni Andrea I, si rivelarono in linea con le sue scelte collezionistiche. 

Nell’ambito della pittura da cavalletto, l’attenzione dei Doria si concentrò sui ritratti, destinati a trasmettere ai posteri le fattezze dei membri della famiglia. Tra i dipinti ancora presenti nella Villa spicca infatti per importanza il nucleo di effigi degli esponenti del casato, commissionati dagli stessi Doria o pervenuti nella dimora in un’epoca successiva.

Di grande rilievo artistico sono, in particolare, i ritratti di Andrea. Il celebre dipinto eseguito da Sebastiano del Piombo per ordine del papa Clemente VII nel 1526, quando il Doria divenne comandante supremo della flotta pontificia, lo raffigura all’età di sessant’anni in un austero abito nero, con la berretta di ammiraglio sul capo. La tavola di Sebastiano del Piombo è considerata uno dei primi esempi di ritratto di stato; in rappresentanza della tipologia di ritratto “allegorico” è conservato a Villa del Principe un’altra famosa effige di Andrea Doria, ideata dal Bronzino per la collezione di ritratti di uomini illustri di Paolo Giovio. In questo quadro, Andrea è celebrato nelle vesti di dio del mare, in una nudità eroica in parte ispirata al David di Michelangelo.

Un terzo ritratto del Doria propone una rappresentazione assai più realistica dell’ammiraglio nella sua tarda età, in compagnia del suo gatto.

Privo di discendenti diretti, Andrea aveva designato quale proprio erede Giannettino, che cadde vittima nel 1547 della congiura dei Fieschi: rimane di lui uno splendido ritratto, attribuito a Francesco Salviati, che lo ritrae di tre quarti, elegantemente vestito. Il figlio di Giannettino, ed erede dell’ammiraglio di Carlo V, Giovanni Andrea I, fu raffigurato da Alessandro Vaiani con l’abito dei Cavalieri di San Giacomo della Spada in compagnia del cane Roldano, dono del re di Spagna Filippo II. Il molosso è a sua volta protagonista di una preziosa tela dipinta da Aurelio Lomi, in cui un giovane paggio elegantemente vestito (o un giovane membro del casato) lo striglia con una spazzola d’argento. Tra le numerose effigi di dame della famiglia spicca il Ritratto di Anna Pamphilj di Jacob Ferdinand Voet, inviato nel 1671 al promesso sposo Giovanni Andrea III Doria.