Il percorso si svolge nelle prime tre sale del secondo piano, illustrando i rapporti tra le tribù liguri e Roma e la nascita delle prime città.

La prima sala espone la Tavola di Polcevera e racconta i protagonisti, le tracce e gli effetti dello scontro tra Roma e i Liguri scoppiato oltre 2250 anni fa: Roma infatti si espande verso nord e perciò diventa cruciale il controllo delle vie accesso e dei valichi dalla costa verso la Pianura Padana controllati dalle tribù liguri.

Lo scontro avviene mediante battaglie, distruzioni e deportazioni di massa fino al completo assoggettamento dei Liguri.  Da un lato della sala è esposto il corredo di un guerriero ligure del 5° secolo a.C. scoperto a Roccatagliata. Di fronte si trovano il calco di controrostro di una  nave romana trovata nel porto di Genova e numerose anfore provenienti dai relitti delle navi mercantili affondate nel Mare Ligure tra il 2° e il 1° secolo a.C.; uno di essi è stato trovato proprio nel tratto di mare di fronte al Museo. 

La Tavola di Polcevera, esposta al centro della sala, è il più antico atto giuridico riferito alla Liguria e a Genova. Datato al 117 a.C., contiene l'arbitrato di due senatori romani e riporta i confini e le attività permesse nei territori dei Vituri Langensi, in Val Polcevera.

Nella sala successiva una serie di ritratti delle famiglie imperiali rappresenta la politica di propaganda operata da Roma nei territori dell'impero e in Liguria. L'Impero concede la cittadinanza romana agli uomini liberi dei territori liguri conquistati e la vita delle popolazioni cambia profondamente. Elementi di arredo, sculture, divinità, strumenti di misurazione (groma), epigrafi e rilievi, raccontano le trasformazioni della vita quotidiana nelle città romane di Luni, Ventimiglia, Libarna, Tortona e Genova.

Le due sale che seguono sono dedicate rispettivamente a Libarna e Tortona. Sono centri liguri, attualmente in provincia di Alessandria, che diventano tra il II e il I secolo a.C. importanti colonie della Liguria romana. Nelle due sale sono esposti numerosi reperti romani trovati negli scavi e nelle raccolte compiute nel corso dell'Ottocento: anfore, coppe, piatti e brocche, statue, oggetti in ferro e bronzo, ma anche elementi di una casa romana (mattoni, tegole, arredi) e preziosi oggetti della toilette di una matrona romana.