La collezione dei Pesci fu inizialmente studiata da Decio Vinciguerra. Quando Vinciguerra si trasferì a Roma l’incarico del riordinamento venne assunto per un decennio da Alberto Perugia il quale pubblicò una quindicina di lavori e iniziò anche la schedatura di tutti i materiali. Vinciguerra riprese poi in pieno la sua attività in Museo a partire dal 1921, dando alle stampe in totale una quarantina di contributi. I pesci raccolti in Uganda da Enrico Bayon furono invece illustrati da George Albert Boulenger. Negli anni 40 del Novecento la gestione della raccolta fu affidata a Delfa Guiglia sino all’arrivo di Enrico Tortonese che dedicò ai pesci una cinquantina di articoli e che utilizzò la collezione del Museo come base per la redazione dei volumi della Fauna d’Italia dedicati ai Pesci. I pesci d’acqua dolce della Liguria sono invece stati oggetto di studio da parte di Gianna Arbocco, che poi si occupò a lungo del riordinamento e della gestione della collezione.
La consistenza numerica della collezione è valutabile in oltre 100.000 esemplari, con oltre 2.000 specie; i tipi sono circa 200.