L’ospitale era un luogo particolare, solo apparentemente simile al nostro “ospedale”: era aperto a tutti, vi trovavano riparo sia i sani che gli infermi, sia i ricchi come i cavalieri che cadevano malati durante il viaggio, sia i pellegrini e talvolta anche i poveri della città. L'ospitale era anche luogo di accoglienza religiosa, dove le corsie dei letti e la navata della chiesa si succedevano senza soluzione di continuità, secondo la concezione tipica del medioevo cristiano che il corpo e l’anima andassero curati insieme. L’Ospitale della Commenda di San Giovanni di Prè era gestito e diretto da un ordine religioso e militare, i Frati Giovanniti - prendevano il nome dall’Ospitale di San Giovanni di Gerusalemme costituito nella seconda metà del XI secolo -  e conosciuti lungo la storia con appellativi diversi: Ospitalieri, Gerosolimitani, Cavalieri di Rodi e, in ultimo, Cavalieri di Malta.
 
In questo luogo si connettevano tra loro le vie di terra, ossia le diverse strade di commercio e pellegrinaggio che univano Genova e l’Italia Settentrionale all’Europa Occidentale e Settentrionale, con le vie di mare, le rotte cioè che a partire dall’XI secolo i Genovesi gestivano con la sponda africana del Mediterraneo e con l’Asia Minore:  i litorali della Siria, della Palestina e dell’Egitto.
 
Lungo questi cammini e queste rotte, nell’età delle Crociate (tra il 1095 e il 1291) e per almeno due secoli, cavalieri, soldati, mercanti, uomini di chiesa e pellegrini passarono per Genova e trovarono qui accoglienza e ospitalità. Erano reduci da avventure di viaggio per terra e per mare, testimoni di avvenimenti come la partenza delle crociate, la conquista di Antiochia e Gerusalemme, le stragi reciproche di cristiani e musulmani, ma anche di ebrei, di armeni e di tante minoranze che in Oriente vivevano da sempre. A volte vi erano anche donne, ma la maggioranza delle pellegrine veniva ricoverata nell vicino monastero di San Leonardo.
 
Nel corso del XIX secolo, il complesso della Commenda si trovò a vivere l’espansione della città verso ponente. Con l’edificazione della stazione ferroviaria di Piazza Principe e la realizzazione del ponte marittimo Federico Guglielmo, l’edificio si venne a trovare nella zona di arrivo e di stazionamento degli emigranti in procinto di imbarcarsi per le Americhe.
 
Dopo quaranta anni di restauri architettonici, artistici e di ricerche archeologiche, curati dalle Soprintendenze locali con il Comune di Genova, l’Ospitale di San Giovanni di Prè diventò uno dei più straordinari monumenti del suo genere, oltre che uno degli edifici più antichi e meglio conservati a Genova.