Presso l’ Archivio Storico Civico è conservata anche una raccolta di manoscritti di storia genovese, formatasi tra la fine dell’ottocento ed i primi anni del novecento, per acquisti e donazioni.
Il nucleo più antico risale al 1882, quando il Comune acquistò 81 manoscritti provenienti dalla biblioteca dell’avvocato G. Ambrogio Molfino, tra i quali comparivano alcuni pezzi unici di grande valore.
Il manoscritto che ha reso celebre la Raccolta Molfino è l’ Anonimo Genovese, un codice in pergamena del sec. XIV contenente rime in genovese e ritmi in latino, di un autore sconosciuto.
Altro pezzo pregevole sono le Memorie della città di Genova e di tutto il suo Dominio di Giovanni Battista Cicala, patrizio genovese, Senatore e Governatore di Corsica nel 1651. L’opera, in sei grandi volumi, è costituita dalla minuziosa raccolta di tutte le notizie di cui è a conoscenza l’autore intorno alle vicende di Genova, annotate schematicamente e in forma cronologica, a partire dai mitici racconti intorno alla fondazione della città, fino all’anno 1528.
Da segnalare ancora nella Raccolta Molfino vari manoscritti di storia ecclesiatica, tra i quali il Diario Sacro e curioso per sapere le feste sì della Chiesa come di Genova, del sec. XVII, quasi tutte le opere del Giscardi , compresi Origine e successi delle Chiese, Monasterii e Luoghi pii della Città e Riviere di Genova , Inscrizioni et Epitafii ne luoghi sacri e profani della Città e Dominio di Genova e gli Alberi di più Famiglie Genovesi ... ; non va, infine, dimenticata la raccolta di 150 lettere del Cardinal Mazarino al Marchese Giannettino Giustiniani di Genova, alcune autografe, altre firmate o con aggiunte di suo pugno.
Nel 1886 venne acquistato un gruppo di manoscritti provenienti dalla splendida biblioteca posseduta già sul finire del XVI secolo dal patrizio genovese Giulio Pallavicino, storico e letterato, noto soprattutto per essere stato uno dei fondatori dell’Accademia degli Addormentati.
Questa raccolta, conosciuta con il nome di Fondo Pallavicino, comprende una gran quantità di volumi , scritti quasi tutti di sua mano, contenenti copie di leggi e di decreti, elenchi di consoli, di anziani, di senatori, di membri dei Consigli della Repubblica, raccolte di istruzioni agli ambasciatori e di relazioni degli stessi, notizie sulle famiglie genovesi e miscellanee di documenti.
Da segnalare ancora nello stesso fondo il Vero e distinto ragionamento ... per lo quale con ogni curiosità si narra la scellerata guerra mossa l’anno 1625 dal Duca di Savoia alla Repubblica di Genova, opera originale del Pallavicino, l’Inventione di Giulio Pallavicino di scriver tutte le cose accadute alli tempi suoi, diario giovanile degli anni 1583-1589, ed un manoscritto cartaceo del principio secolo XVI, conosciuto come Miscellanea Umanistica, contenente brani di autori classici.
Nel 1892 il Fondo manoscritti dell’Archivio si arricchiva di un altro centinaio di manoscritti grazie al Legato Giovanni Ricci. Questa raccolta comprende vari volumi di Leggi e Decreti della Repubblica di Genova, una serie dei più noti annalisti e storici locali, opere di storia ecclesiastica , relazioni di Ambasciatori e istruzioni di Corti a Ministri.
Da segnalare una copia dello Stato presente della Metropolitana di Genova di F. M. Accinelli, con le piante dettagliate delle varie parrocchie della città (sec. XVIII), una copia cinquecentesca degli Annali di Antonio Gallo, alcuni volumi con belle legature fra i quali due volumi dei capitoli delle arti degli Osti e Tavernari, del secolo XVIII, e l’ Historia della guerra fra Papa Paolo IV e Filippo II re di Spagna di Pietro De Nores, del secolo XVII. Negli ultimi anni dell’ottocento e nei primi del novecento il fondo manoscritti continuò ad essere sporadicamente arricchito da doni ed acquisti.
Tra questi si segnalano gli statuti della venerabile Compagnia del Mandiletto, un’associazione di beneficenza sorta a Genova nel 1497, e l’ Histoire Générale de la Revolution de Gênescontenant tout ce qui s’est passé dans cette republique depuis la mort de Charles VI, jusque a’ la levée du siège, par les Allemans di Ange Goudar.