Entrando nel chiostro più antico ritroviamo la percezione della sistemazione medievale, nonostante abbia subito parecchie trasformazioni rispetto alla Certosa originaria.

Nel 1500 fu costruito il loggiato del primo piano con 16 colonne in marmo e cornici in Pietra di Promontorio, grazie al mecenatismo delle famiglie aristocratiche genovesi dei Di Negro, Spinola e Doria. Durante i secoli successivi il loggiato sul lato del chiostro più vicino alla chiesa, alla nostra sinistra, fu tamponato. La Certosa fu requisita in età napoleonica (1798) come molte proprietà monastiche e da allora è di proprietà pubblica. Dopo quel momento fu eliminato il lato occidentale del chiostro e fu sistemato l’accesso attuale, che avviene dal lato opposto rispetto all’ingresso originario della Certosa.

Nel 2014 il lato nord del chiostro fu parzialmente distrutto da un crollo e restaurato nella sistemazione attuale tra il 2017 e il 2023.