La Torre di Faro aveva come interlocutore solo la costruzione del convento di san Benigno. E’ questa una poderosa struttura conventuale edificata fra il  1121 e il 1142 dai monaci benedettini che possedevano tutto il promontorio. L’abbazia fin dalle origini fu considerata una delle più importanti d’Italia e attraversò un periodo di particolare prestigio nei secoli XII e XIII, mentre nel XIV secolo,  problemi connessi all’esiguità dei monaci, alla manutenzione delle strutture e all’amministrazione patrimoniale condussero l’edificio a uno stato di fatiscenza dal quale si risollevò solo nel Cinquecento quando fu preso in carico dai frati del più fiorente  monastero di san Gerolamo della Cervara, tra santa Margherita e Portofino.
La posizione strategica del monastero influì significativamente sulle sue sorti.
Luigi XII nel 1513 aveva fatto edificare la fortezza de La Briglia, poco sotto il convento, costringendo i monaci ad allontanarsi dal sito, divenuto pericoloso.
Nel 1527 Cesare Fregoso prese le parti dei francesi e pose a presidiare la città una compagnia d’armati che si insediò nel convento, finché i soldati della Repubblica non li catturarono prigionieri.
Il monastero era restato isolato sul colle sino al 1630, quando il pianoro  fu inglobato nelle nuove mura  che dalla Lanterna portavano agli Angeli, assumendo così la zona un nuovo  ruolo tattico di difesa militare.
La peste del 1657 decimò quasi del tutto i monaci.
Nel 1798 il monastero fu infine  abbandonato, in seguito alle leggi che designarono la soppressione degli ordini conventuali.
L’edificio, rimasto vuoto, in stato di parziale abbandono, fu  adibito a magazzino d’artiglieria,  il campanile utilizzato come stazione di segnali, detta la “ vigia di san Benigno”, ed infine, durante l’assedio di Massena del 1800, anche ad ospedale militare.
Solo dopo l’annessione della Liguria al Piemonte divenne deposito di munizioni dell’esercito sardo, e nel 1827 il generale Chiodo vi fece porre una potente  difesa, con un’opera fortificata apposita: fu da essa che nell’insurrezione popolare del marzo 1849 contro il Piemonte il generale La Marmora fece bombardare Genova e l’anno successivo la spianò al suolo, al suo posto furono costruite due enormi caserme.
Oggi tutta l’area ospita moderne costruzioni, che non lasciano intravedere più nulla dell’antico promontorio.