Anche se l’attuale costruzione risale al 1543, secondo alcune fonti non ufficiali nel 1128 fu edificata la prima torre, alta poco meno dell’esistente, con una struttura architettonica simile all’attuale, ma con tre tronchi merlati sovrapposti: nata come torre di guardia per annunciare l’arrivo di imbarcazioni sospette, diventò nel tempo anche faro, sulla cui sommità si bruciavano fascine per segnalare ai naviganti l’accesso al porto.
Nel 1318, durante la guerra tra Guelfi e Ghibellini la torre subì rilevanti danni alle fondamenta ad opera della fazione ghibellina; nel 1321 vennero effettuati lavori di consolidamento e venne scavato un fossato allo scopo di renderla meglio difendibile.
La prima lanterna ad olio di oliva, la cui luce era concentrata in un fascio grazie a cristalli trasparenti prodotti da maestri vetrai liguri e veneziani, fu installata nel 1326.
Al meglio identificare la Lanterna con la città, nel 1340 venne dipinto alla sommità della torre inferiore lo stemma del Comune di Genova, opera del pittore Evangelista di Milano.
La prima rappresentazione iconografica del faro risale al 1371, sulla copertina di un registro dell’autorità marittima del tempo conservata all’Archivio di Stato di Genova (restaurata nel 2017 grazie al contributo del Lions Club di Sampierdarena per il progetto Insieme per la Lanterna e Adotta un Documento).
La Lanterna fu anche prigione: nel Quattrocento custodì ospiti illustri, tra cui il re di Cipro.
Agli inizi del Cinquecento Luigi XII fece edificare la fortezza della Briglia per le truppe che presidiavano la città: quando i Genovesi insorsero contro i francesi la bombardarono, danneggiando anche la Lanterna, ridotta a “mezza torre”.
Nel 1543 essa venne ricostruita sostituendo le antiche merlature e assunse l’aspetto definitivo che ancora oggi vediamo.
Nei secoli, la Lanterna superò senza gravi conseguenze il bombardamento navale del Re Sole alla fine del Seicento, i combattimenti del 1746 dopo la rivolta di Portoria, i bombardamenti della Seconda Guerra Mondiale, oltre a innumerevoli momenti di intemperie naturali (nel 1778 fu dotata di impianto parafulmine).
In tempi più recenti, grazie all’introduzione di più moderni sistemi ottici (data 1840 il sistema rotante con lenti di Fresnel), e all’introduzione di nuovi combustibili (il gas di acetilene -1898-, il petrolio pressurizzato -1905-) fino all’elettrificazione del 1936, la potenza del faro aumentò notevolmente.