La visita all’interno del Museo si svolge secondo un percorso che muove dal porto genovese del XV secolo per giungere all’età contemporanea, seguendo quattro età della marineria: l’età del remo, vissuta sulle galee e nell’antico arsenale, l’età della vela, dominata dai vascelli e dai successivi clipper, l’età del vapore, che segna la nascita e affermazione dei piroscafi e l’età delle grandi migrazioni italiane in transatlantico ma anche straniere su imbarcazioni di fortuna.

Il Museo si sviluppa su 12000 metri quadrati articolati in 30 sale, distribuite su 5 livelli e dedicate all’esposizione permanente. Inoltre, ci sono due sale riservate alle esposizioni temporanee. La ricostruzione di una galea genovese del Seicento lunga 42 metri - che da luglio 2012 accoglie il pubblico a bordo per rivivere la vita di schiavi, forzati e buonavoglia - e di un brigantino goletta dell’Ottocento, gli oltre 4.300 oggetti originali conducono il visitatore alla scoperta degli avvincenti segreti del rapporto fra uomo e mare. L’esperienza di viaggio prosegue con la grande traversata oceanica dei migranti italiani verso l’America e il Brasile e l’Argentina, con uno sguardo particolare all’immigrazione straniera in Italia, fenomeno che negli ultimi quarant’anni ha trasformato il nostro Paese da luogo di partenza a meta di arrivo.

Completano il percorso espositivo la sala degli Armatori, dove il visitatore può scoprire la storia della Marineria dal 1861; la sala dedicata a Cristoforo Colombo, con il celebre ritratto del grande navigatore dipinto da Ridolfo del Ghirlandaio e al Porto di Genova; la prestigiosa Sala Atlanti e Globi che consente di sfogliare virtualmente mappe realizzate dai più famosi cartografi di Cinque-Seicento, opere simbolo di scoperte e cosmopolitismo, geolocalizzate ai giorni nostri; la Galleria Beppe Croce, che riproduce l’interno di uno yacht club inglese di fine ‘800, con oltre 100 dipinti di marina; la zattera di Ambrogio Fogar, sulla quale il navigatore e il giornalista Mauro Mancini trascorsero 74 giorni in Atlantico dopo il naufragio del Surprise (1978); . Da segnalare all’ultimo piano del Museo la mostra “Andrea Doria, la nave più bella del mondo”, la Sala “CoeClerici” con la quadreria “Navigare nell’Arte” della Fondazione Paolo Clerici – novità 2018 - le terrazze panoramiche Mirador e Coeclerici, dove si può godere dell'incantevole veduta del porto e della parte storica di Genova. Navigazione sopra ma anche sotto il mare con la visita esclusiva del sommergibile S518 Nazario Sauro.