La visita all’interno del Museo si svolge secondo un percorso che muove dal porto genovese del XV secolo per giungere all’età contemporanea, seguendo quattro età della marineria: l’età del remo, vissuta sulle galee e nell’antico arsenale, l’età della vela, dominata dai vascelli e dai successivi clipper, l’età del vapore, che segna la nascita e affermazione dei piroscafi e l’età delle grandi migrazioni italiane in transatlantico ma anche straniere su imbarcazioni di fortuna.

Il Museo si sviluppa su 12000 metri quadrati articolati in 30 sale, distribuite su 5 livelli e dedicate all’esposizione permanente. Inoltre, ci sono due sale riservate alle esposizioni temporanee. La ricostruzione di una galea genovese del Seicento lunga 42 metri - che da luglio 2012 accoglie il pubblico a bordo per rivivere la vita di schiavi, forzati e buonavoglia - e di un brigantino goletta dell’Ottocento, gli oltre 4.300 oggetti originali conducono il visitatore alla scoperta degli avvincenti segreti del rapporto fra uomo e mare. L’esperienza di viaggio prosegue con la grande traversata oceanica dei migranti italiani verso l’America e il Brasile e l’Argentina, con uno sguardo particolare all’immigrazione straniera in Italia, fenomeno che negli ultimi quarant’anni ha trasformato il nostro Paese da luogo di partenza a meta di arrivo.

Completano il percorso espositivo la sala degli Armatori, dove il visitatore può scoprire la storia della Marineria dal 1861; la sala dedicata a Cristoforo Colombo, con il celebre ritratto del grande navigatore dipinto da Ridolfo del Ghirlandaio e al Porto di Genova; la prestigiosa Sala Atlanti e Globi che consente di sfogliare virtualmente mappe realizzate dai più famosi cartografi di Cinque-Seicento, opere simbolo di scoperte e cosmopolitismo, geolocalizzate ai giorni nostri; la Galleria Beppe Croce, che riproduce l’interno di uno yacht club inglese di fine ‘800, con oltre 100 dipinti di marina; la zattera di Ambrogio Fogar, sulla quale il navigatore e il giornalista Mauro Mancini trascorsero 74 giorni in Atlantico dopo il naufragio del Surprise (1978); la sala della tempesta in 4D dove il pubblico, grazie alla realtà virtuale, può rivivere virtualmente un naufragio a Capo Horn, affrontando a bordo di una scialuppa le onde di un mare tempestoso. Da segnalare all’ultimo piano del Museo la mostra “Andrea Doria, la nave più bella del mondo”, la Sala “CoeClerici” con la quadreria “Navigare nell’Arte” della Fondazione Paolo Clerici – novità 2018 - le terrazze panoramiche Mirador e Coeclerici, dove si può godere dell'incantevole veduta del porto e della parte storica di Genova. Navigazione sopra ma anche sotto il mare con la visita esclusiva del sommergibile S518 Nazario Sauro.