Il percorso comprende quattro sale al primo piano.
Nella sala dedicata all'età dei metalli (5500-3000 anni fa), si scoprono i più antichi oggetti in metallo rinvenuti nella nostra regione: punte, punteruoli e ornamenti in rame, asce e pugnali in bronzo. E' questo un periodo di grandi cambiamenti per gli uomini e il territorio: si diffondono la pastorizia intensiva, la pratica di incendiare i boschi per ricavare pascoli, la formazione di clan e altri gruppi consanguinei di cui si ritrovano sepolture in grotticelle e tombe monumentali. Tra queste nuove manifestazioni c'è anche il fenomeno delle statue stele: nella sala si può osservare la stele rinvenuta a Zignago, forse figura di antenato eroe scolpita nella pietra che riporta anche una scritta molto successiva in caratteri etruschi. Altra manifestazione artistica e culturale di questo periodo è rappresentata dalle incisioni rupestri del Monte Bego e della Valle delle Meraviglie, in Val Roia (IM), dove migliaia di segni raffiguranti uomini, animali, armi e scene di aratura sono stati realizzati dai popoli della montagna che salivano verso i pascoli di alta quota. In esposizione ci sono pezzi originali di roccia con le incisioni e alcuni disegni realizzati dallo studioso inglese Clarence Bicknell che alla fine dell'Ottocento documentò con centinaia di rilievi e calchi questo straordinario patrimonio.
Nella sala successiva si parla di Liguri: il popolo dell'età del Ferro (9° a.C.- fino alla conquista romana) insediato su un ampio territorio dell'Italia Nord Occidentale e Francia e ricordato dagli storici greci e romani come composto da tribù di barbari, analfabeti, infidi, bugiardi ma anche audaci e valenti in guerra. Nelle loro tombe emerge la componente guerriera: nella tomba di Savignone troviamo tra gli oggetti anche una spada ripiegata e nella famosa tomba di Pietra Ligure, appartenuta a un capo guerriero di alto rango, un corredo di armi tra cui una spada ad antenne caratteristica dell'Europa centrale.
Le due sale dedicate alla nascita di Genova, che si sviluppa sul colle di Castello a partire dalla fine del 7° secolo a.C., raccontano la straordinaria mescolanza di culture, lingue, idee, prodotti e abitudini creata da genti di origine ligure, etrusca mediterranea e padana che contribuiscono alla genesi della città. I materiali esposti nelle vetrine provengono dalle prime 121 tombe trovate in via XX Settembre, nell'attuale centro cittadino: oggetti in bronzo etruschi, ceramiche greche con figure rosse, vasetti per profumi dal Vicino Oriente, ciotole e vasi in terracotta di produzione ligure locale. L'insieme di questi materiali mostra il carattere multiculturale del centro. Di notevole interesse sono, nell'ultima sala, le tombe, appartenuta ad una ricca signora di origine comasca e la tomba 84 (5° secolo a.C.), con lo straordinario corredo di stoviglie per servire il vino.
Chiude il percorso la statua del Cerbero, trovata nella zona di via Fieschi, nel cuore di Genova: si tratta di un gruppo marmoreo unico, che riunisce in sé elementi culturali etruschi, celti e mediterranei.