La storia della formazione delle raccolte è stata lunga e complessa e strettamente legata alla genesi del museo, il primo nucleo del quale risale al 1875 quando - grazie alla sottoscrizione promossa dal "Circolo G. Mazzini" e dalla "Confederazione Operaia Genovese" -, fu acquistata la casa natale di Giuseppe Mazzini, nella quale raccogliere oggetti personali dell’Apostolo, edizioni a stampa delle sue opere, manoscritti, giornali mazziniani. Donato al Comune nel 1881, il piccolo sacrario-museo restò tale fino all’apertura dell’Istituto Mazziniano nel 1934.
Nel frattempo nel 1915 a Palazzo Bianco venne allestito il “Museo del Risorgimento”. Il nuovo percorso espositivo - nato pochi anni dopo il cinquantesimo anniversario dell’unificazione nazionale e l’impresa di Libia- pur essendo in linea con la missione pedagogica attribuita fin dal loro nascere ai musei del Risorgimento, differiva dagli altri nei contenuti e nella narrazione delle vicende risorgimentali, presentate in stretta relazione con l’attualità dell’impresa imperialista, capace di suscitare il vivo desiderio di una quarta guerra di indipendenza, per completare l’unità territoriale della penisola. E non a caso il nuovo museo fu inaugurato il 5 maggio 1915 - lo stesso giorno della manifestazione interventista con d’Annunzio allo scoglio di Quarto - e un anno dopo (24 maggio 1916) fu ampliato con l’apertura di due nuove sale, nelle quali furono esposte testimonianze documentarie e iconografiche del conflitto in atto.
Da allora le raccolte civiche relative al conflitto si andarono incrementando sempre più, sotto l’attenta regia di Orlando Grosso - "segretario specializzato" dal 1910 e poi direttore dell’Ufficio Belle Arti e Storia dal 1921 fino al secondo dopoguerra - promotore e artefice dell’ordinamento e dell’apertura di ben cinque musei civici, tra i quali il primo museo del risorgimento - realizzato con lo storico Achille Neri - e l’Istituto Mazziniano, inaugurato il 22 giugno 1934 e comprensivo di museo, archivio e biblioteca specializzata.
Quando nel 1937 fu istituito il civico Museo delle Guerre d’Italia, allo scopo di raccogliere e conservare “ cimeli e documentazione storica a partire dal 1870”, parte delle collezioni dell’Istituto Mazziniano, come pure di altri musei, fu trasferita nell’ex convento di San Silvestro, sede provvisoria del neonato museo, in attesa di partire alla volta di quella definitiva, individuata nel 1939 nella la Casa del Mutilato in Corso Aurelio Saffi.
L’entrata in guerra interruppe il progetto, che fu poi definitivamente accantonato all’inizio degli anni Settanta. Per lunghi anni non si sentì più parlare di Museo delle Guerre e delle relative collezioni, che nel frattempo erano ritornate all’Istituto Mazziniano, arricchite con i materiali relativi alla seconda guerra mondiale e alla Liberazione, tra cui un esemplare originale dell’Atto di resa delle truppe tedesche del 25 aprile 1945.
Nel 2000 le raccolte documentarie afferenti al Museo delle Guerre furono trasferite dall’Istituto di Via Lomellini in depositi fuori sede, dapprima in Darsena e, poi, in Val Bisagno, anche per far spazio al nuovo percorso museale del Risorgimento, inaugurato nel 2005 con il sostegno della Compagnia di San Paolo. Fu solo a partire dalle celebrazioni per il 150° anniversario dell’Unità d’Italia che il Comune di Genova, grazie ai fondamentali contributi della Soprintendenza archivistica per la Liguria e della Struttura di Missione per gli anniversari di importanza nazionale della Presidenza del Consiglio dei Ministri, poté dare inizio al sistematico recupero della documentazione iconografica e archivistica relativa alle guerre del XX secolo, a partire dalle raccolte afferenti alla Grande Guerra, e alla loro esposizione.