Il percorso espositivo segue una traccia cronologica che si intreccia con momenti di approfondimento su particolari temi e personaggi.

Primo piano: il Settecento
Il percorso prende avvio dal dipinto attribuito a Giuseppe Comotto, L’insurrezione genovese del 1746 e il mito di Balilla, vicenda che un secolo dopo tornerà a caricarsi di un nuovo valore simbolico nel quadro del Risorgimento nazionale, con l’invenzione della figura del Balilla, l’eroico ragazzo che il 5 dicembre avrebbe dato il via all’insurrezione contro gli Austriaci, per proseguire con le sezioni dedicate a Repubblica giacobina (1797 – 1805), annessioni di Genova all’Impero francese (1805 – 1814) e al Regno di Sardegna (1815).

Secondo piano: Le stanze dell'appartamento abitato dalla famiglia Mazzini 
Il percorso espositivo continua attraverso le stanze dell’appartamento abitato dalla famiglia Mazzini, con una sezione dedicata al giovane Mazzini, dalle prime esperienze carbonare alla Giovine Italia. Accanto è stato ricostruito lo studio di Mazzini, con la sua scrivania ed alcuni oggetti che gli appartennero, tra i quali la chitarra che lo accompagnò nei lunghi anni dell’esilio.

Terzo piano: Goffredo Mameli e l’Inno Nazionale, il decennio di preparazione, Garibaldi e Spedizione dei Mille

Il salone al terzo piano si apre con il manoscritto più prezioso delle collezioni dell’Istituto Mazziniano, la prima stesura autografa dell’inno “Fratelli d’Italia” di Goffredo Mameli, musicato da Michele Novaro, nostro Inno nazionale con una sezione dedicata alla Repubblica Romana (1849), dalla quale si dipana un suggestivo allestimento dedicato a Giuseppe Garibaldi e ai principali avvenimenti e protagonisti dell’impresa dei Mille.Il percorso risorgimentale termina con la  sezione intitolata “5 maggio 1915. Il monumento ai Mille tra mito e propaganda”, nella quale è documentata la lunga  travagliata vicenda del monumento e della sua inaugurazione attraverso le testimonianze artistiche e documentarie presenti nelle raccolte dell’Istituto, tra le quali il bozzetto in gesso del monumento ai Mille di Eugenio Baroni e il documento autografo con l’orazione di Gabriele d’Annunzio.

Da qui prende avvio l’ultima sezione espositiva dedicata alla Grande Guerra. In essa vengono presentata una  selezione di dipinti, disegni, manifesti, fotografie, documenti d’archivio, armi e cimeli. Tali collezioni, cominciarono a formarsi già a partire dai primi mesi dall’entrata in guerra dell’Italia a fianco dell’Intesa, e precisamente nel settembre del 1915, quando  il Comune aderì alla richiesta avanzata  dal Ministero dell’Istruzione, attraverso il presidente del Comitato nazionale per la storia del Risorgimento, Paolo Boselli, di raccogliere “le testimonianze e i documenti storici sull’attuale guerra  per la compiuta liberazione dell’Italia”, affidando il compito all’Ufficio di Belle Arti e Storia. Da allora prese avvio  la  la “vita museale” delle opere e dei cimeli raccolti, che in gran parte ebbero come destinazione finale l’Istituto Mazziniano, sia pure al termine di alterne vicende, all’indomani della Liberazione.