Il Museo, gli Amici del Museo e l’Associazione Didattica Museale collaborano con numerose istituzioni:

Dipartimento di Scienze della Terra dell'Ambiente e della Vita - Università degli Studi di Genova

Dipartimento di Lingue e Culture Moderne - Università degli Studi di Genova

Museo Nazionale dell’Antartide - sezione di Genova

INGV - sezione di Genova

Festival della Scienza e Città dei Bambini

Parco del Beigua UNESCO Global Geopark

Parco dell’Aveto

MadLAb 2.0

Associazione EUREKA e Dario Apicella

Unità Comunicazione e Relazioni con il Pubblico - Consiglio Nazionale delle Ricerche

Osservatorio Astronomico del Righi

Naturaliter - Capannoli (PI)

Reptiles Nest - Slovenia

Proficua collaborazione con Emanuele Biggi e Francesco Tomasinelli con la realizzazione di mostre, conferenze e presentazioni di libri.