Nella prima delle tre sale dedicate completamente all’ornitologia sono esposti, da un lato, esemplari di specie che sono state rinvenute o osservate in Liguria; la fauna ornitologica ligure comprende 412 specie, delle quali circa 160 nidificanti e 130 svernanti, mentre le restanti sono osservabili solo nei periodi di passo oppure occasionalmente.
L’esposizione comincia con i piccoli passeriformi, passa ai colombi e alle anatre e arriva ai gabbiani e altri uccelli marini; vi troviamo anche alcune specie di pappagalli che hanno colonizzato Genova, in misura minore anche Savona, e si riproducono regolarmente in città.
Sull’altro lato della sala, oltre a vetrine dedicate all’anatomia e alla biologia degli uccelli, si possono ammirare esemplari appartenenti a specie estinte, come il colombo migratore (Ectopistes migratorius). Altro esempio è costituito dal fregilupo o storno di Réunion (Fregilupus varius), i cui ultimi esemplari scomparvero tra il 1835 e il 1840. L’esemplare esposto è uno dei 23 attualmente conservati nei musei di tutto il mondo.
Nella sala successiva prosegue l’esposizione degli uccelli della Liguria, con i rapaci diurni e notturni, e inizia la serie delle specie raggruppate in ordine sistematico con gli uccelli non volatori (struzzi, nandù, emù e pinguini). Il gruppo dei casuari è di particolare pregio scientifico e di grande impatto visivo: questi elusivi uccelli non volatori, tipici delle foreste pluviali della Nuova Guinea, di alcune isole vicine e del nordest dell’Australia, sono stati raccolti alla fine dell’Ottocento da esploratori in contatto con il Museo di Genova.
Molto belli e importanti anche i tre kiwi, uccelli particolarissimi provenienti dalla Nuova Zelanda, anch’essi non volatori e di abitudini notturne.
Nella Sala 13 si conclude l’esposizione generale degli uccelli; sono presenti esemplari rappresentanti numerose famiglie, dai colibrì agli albatros, dagli aironi alle anatre, ai pappagalli, ai fagiani e pernici, alle paradisee; queste ultime, dette anche uccelli del paradiso, sono una rappresentanza della ricca collezione di questo gruppo conservata in Museo, una raccolta tra le più importanti in Europa.
Tra i numerosi soggetti esposti spicca, nella parte dedicata ai rapaci, un imponente gipeto o avvoltoio degli agnelli (Gypaetus barbatus): questa specie, estinta in Italia dal 1913, è stata, e lo è ancora oggi, al centro di un importante progetto di reintroduzione e attualmente è tornata a nidificare regolarmente sulle Alpi.